După numirea Sfântului Chiril pe scaunul episcopal al Ierusalimului, a izbucnit un conflict deschis pentru supremaţie între Acaciu şi Chiril, acesta din urmă pretinzând primatul deoarece scaunul de la Ierusalim era apostolic. Cearta a dus la exilarea de trei ori a lui Chiril. Exilurile episcopului Chiril a determinat Biserica să ţină Sinodul de la Antiohia, din 379, şi să-l trimită pe Sfântul Grigorie de Nyssa ca să cerceteze situaţia. Sfântul Grigorie a mărturisit atunci că Biserica de la Ierusalim avea parte de o credinţă sănătoasă.
Sfântul Chiril a participat la Sinodul II ecumenic de la Constantinopol, din anul 381, unde şi-a mărturisit ortodoxia credinţei. A avut de dus două lupte grele ca ierarh: una împotriva ereticilor arieni, care deveniseră foarte puternici în timpul domniei împăratului Constantius, fiul lui Constantin cel Mare, cealaltă împotriva evreilor care, în timpul domniei lui Iulian Apostatul, nepotul Marelui Constantin, aveau mari privilegii şi puteri la Ierusalim şi în imperiu.
Sfântul Chiril, Arhiepiscopul Ierusalimului, a trecut la cele veşnice în anul 386 d.H., pe timpul domniei împăratului Teodosie cel Mare.