A fost fiul prefectului Sabbatianus din Durostor. Nu există prea multe informaţii despre viaţa sa, însă în actul său martiric se descrie pătimirea şi trecerea sa la Domnul.
Când împăratul Constantin cel Mare a acordat libertate creştinismului în Imperiul Roman, prin Edictul de la Milan din anul 313 d.H., a fost linişte pentru o vreme, iar creştinii s-au închinat Domnului în pace. După o jumătate de veac, însă, păgânismul a fost reînviat de împăratul Iulian Apostatul (361-363).
La acea vreme, a venit la Durostor vicarul Traciei, Capitolin, pentru a se convinge că toţi locuitorii aduc jertfe idolilor păgâni. Capitolin i-a chemat la un ospăţ pe dregătorii din cetate, dar, pe când petreceau ei, tânărul Emilian a luat un ciocan, a intrat într-un templu păgân şi a sfărâmat toţi idolii.
Pentru această faptă, Emilian a fost biciuit şi aruncat în foc. Din actul său martiric aflăm că a ieşit nevătămat din foc, iar soldaţii lui Capitolin, care se aflau aproape, au fost arşi de vii. Rămas nevătămat, Emilian s-a însemnat cu semnul Sfintei Cruci şi a zis: "Doamne Iisuse Hristoase, primeşte sufletul meu!" Şi zicând acestea, a adormit în pace.
Trupul Sfântului Emilian a fost luat de soţia lui Capitolin, care era creştină, şi îngropat cu cinste. În prezent, moaşte ale Sfântului Mucenic Emilian se găsesc la Catedrala mitropolitană din Silistra (Bulgaria), la Catedrala episcopală din Slobozia şi la biserica "Naşterea Maicii Domnului" din cartierul Drumul Taberei, din Bucureşti.