O parte a canalului de navigatie este controversatul canal Bistroe, proiect completat prin largirea albiei bratului Chilia
Autoritatile de la Bucuresti au protestat in repetate rinduri fata de acest proiect, principalul argument al Romaniei fiind nu cel economic, ci cel privind impactul canalului asupra mediului din Delta Dunarii. "Ideea este sa depasim stadiul de subiect bilateral si sa facem din el un subiect european", a declarat, pentru BBC, ministrul roman de Externe, Adrian Cioroianu.
Romania a fost sustinuta de mai multe grupuri ecologiste internationale, printre care s-a numarat si Fondul Mondial pentru Natura.