A treia aflare a capului Sfântului Proroc Ioan Botezătorul este sărbătorită pe 25 mai. Din Sfânta Scriptură aflăm că Irod, la un ospăț prilejuit de sărbătorirea zilei sale de naștere, a poruncit tăierea capului Sfântului Ioan Botezătorul, la cererea Irodiadei.
Amintim că Ioan îl mustrase pe Irod pentru traiul lui nelegiuit cu Irodiada, care era soția fratelui său. În ura ei de moarte, Irodiada a sfătuit-o pe Salomeea, fiica ei, care dansase și plăcuse oaspeților și îndeosebi lui Irod, să ceară de la acesta capul Botezătorului ca răsplată.
Pentru că se temea ca Botezătorul ar putea învia dacă trupul ar fi fost îngropat alături de cap, Irod nu a dat ucenicilor decat trupul sfântului, care a fost îngropat în Sevastia. Capul a fost îngropat de Irodiada în curtea sa, la mare adâncime.
Potrivit tradiției, Sfânta Ioana, femeia dregătorului lui Irod, este cea care a luat capul Sfântului Ioan Botezătorul din curtea Irodiadei și l-a îngropat la Ierusalim, în muntele Eleonului, într-un vas de lut. Aceasta e socotită cea dintâi aflare a sfântului cap. După un timp, un proprietar bogat și slăvit a crezut în Hristos, și lepădând poziția socială și toată deșertăciunea acestei lumi, s-a făcut monah luându-și numele de Inochentie. Ca monah, el s-a sălășluit chiar la locul unde se afla îngropat capul Botezătorului Ioan. Dorind să-și zidească o chilie, el a săpat adânc și a descoperit un vas de pământ în care se afla un cap, ce prin descoperire dumnezeiască a aflat că este al lui Ioan Botezătorul. El a cinstit cu evlavie acele sfinte moaște, apoi le-a îngropat la loc acolo unde le-a găsit.
Capul Sfântului Ioan Botezătorul a fost prezent aici pana în vremea Sfinților Împărați Constantin și Elena, când, prin doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, în Siria, la un olar. În anul 453, episcopul Uranie al Emesei, l-a așezat în biserica din această cetate. Aceasta este socotită a doua aflare a cinstitului cap al Botezătorului.
În timpul luptei împotriva sfintelor icoane, capul Sfântului Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost adus în Constantinopol, de către Sfântul Ignatie (860), în vremea împăratului Mihail. Aceasta este cea de-a treia și cea din urmă aflare a cinstitului cap.
