Pentru că se temea că Botezatorul ar putea învia dacă trupul i-ar fi fost îngropat alături de cap, Irod nu le-a dat ucenicilor decât trupul sfântului, care a fost îngropat în Sevastia. Capul a fost îngropat de Irodiada în curtea sa, la mare adâncime.
Potrivit tradiţiei, Ioana, femeia dregătorului lui Irod, a luat capul lui Ioan Botezătorul din curtea Irodiadei şi l-a îngropat la Ierusalim, în Muntele Eleonului, într-un vas de lut. Aceasta e socotită cea dintâi aflare a cinstitului cap. După un timp, un proprietar bogat a crezut în Hristos şi, lepădând toată deşertăciunea acestei lumi, s-a făcut monah, luându-şi numele de Inochentie. Ca monah, el s-a sălăşluit chiar la locul unde era îngropat capul Botezătorului. Vrând să-si zidească chilie, a săpat adânc şi a descoperit vasul de pământ în care se afla un cap, ce prin descoperire dumnezeiască a aflat că este al lui Ioan Botezătorul. El a cinstit cu evlavie sfintele moaşte, apoi le-a îngropat la loc.
Capul Sfântului Ioan Botezătorul a stat acolo până în vremea Împăraţilor Constantin şi Elena când, prin doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, în Siria, la un olar. În anul 453, episcopul Uranie al Emesei l-a aşezat în biserica din cetate. Aceasta este socotită a doua aflare a cinstitului Cap al Botezătorului.
In timpul conflictului iconoclast, capul lui Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost adus la Constantinopol, de către Sfântul Ignatie (860), în vremea împăratului Mihail. Aceasta este cea de-a treia şi cea din urmă aflare a cinstitului Cap.
