Nectarie s-a născut pe 1 octombrie 1846 în Silivria, orăşel din Tracia (nordul Greciei), primind la botez numele Anastasie. La vârsta de 14 ani, s-a îndreptat către Constantinopol, ca să-şi continue studiile. În anul 1866, a ajuns în Insula Chios, unde a lucrat ca pedagog şi dascăl. La 27 de ani, a devenit monah la Mănăstirea Nea Moni, primind numele de Lazăr. După un an, a fost hirotonit diacon, primind numele Nectarie.
După ce a urmat Facultatea de Teologie din Atena în anul 1885, Nectarie a plecat în Egipt, unde a slujit la biserica "Sf. Nicolae" din Cairo. La 15 ianuarie 1889, a fost uns mitropolit onorific de Pentapolis, de către patriarhul Sofronie.
Acuzat pe nedrept că ar vrea să ia locul patriarhului, Nectarie a fost trimis în Grecia (1890), Sofronie dând o ordonanţă prin care i-a retras cinstea arhierească. În Grecia, Nectarie a ajuns director al Seminarului Teologic Ortodox Rizarios, însă a renunţat la funcţie şi s-a retras în Insula Eghina, unde a rămas până la sfârşitul vieţii şi unde a întemeiat M-rea Sf. Treime.
El însuşi vindecător al cancerului, Sfântul Nectarie a murit răpus de necruţătoarea boală, în anul 1920. Trupul său a fost găsit neputrezit şi mirosind a mir la 3 septembrie 1953. Moaştele sfântului au fost aşezate în mănăstirea din Eghina, acesta fiind canonizat în anul 1961.