Pentru că se temea că Botezătorul ar putea învia dacă trupul i-ar fi fost îngropat alături de cap, Irod le-a dat ucenicilor doar trupul care a fost îngropat în Sevastia. Capul a fost îngropat de Irodiada în curtea sa.
Potrivit tradiţiei, Ioana, femeia dregătorului lui Irod, a luat capul Sfantului Ioan şi l-a îngropat la Ierusalim, în muntele Eleonului, într-un vas de lut. Aceasta e socotită cea dintâi aflare a sfântului cap. După un timp, un om bogat a crezut în Hristos şi, lepădând lumea, s-a făcut monah, luându-şi numele de Inochentie. El s-a sălăşluit chiar în locul unde era îngropat capul. Vrând să-şi facă o chilie, a săpat şi a descoperit vasul de pământ cu cap în el, ce prin descoperire dumnezeiască a aflat că este al lui Ioan. El a cinstit cu evlavie moaştele, apoi le-a îngropat la loc.
În vremea Sf. Împăraţi Constantin şi Elena, prin doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, în Siria, la un olar, iar în 453 Episcopul Uranie al Emesei l-a aşezat în biserica cetăţii. Este socotită a doua aflare a cinstitului cap.
În timpul conflictului iconoclast, capul Sf. Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost adus în Constantinopol de către Sf. Ignatie (860), în vremea împăratului Mihail. Este cea de-a treia şi cea din urmă aflare a capului. În timpul cruciadelor, latinii au luat o parte din capul Sf. Ioan Botezătorul şi l-au dus în Franţa (1204), aşezându-l în biserica din Amiens, unde se află şi azi.
