Într-una din călătoriile sale spre Cetatea Albă din Moldova, Ioan a discutat în contradictoriu cu catolicul Reiz. La sfârşitul acestei călătorii, spun cronicile, catolicul i-a spus conducătorului tătar al cetăţii că Ioan doreşte să devină musulman.
Dus în faţa tătarului, Ioan L-a mărturisit pe Hristos, singurul Domn şi Dumnezeu. După ce a suferit multe chinuri, Ioan a fost târât prin cetate, legat de coada unui cal neîmblânzit. În loc să cârtească, Ioan se ruga Lui Dumnezeu: "Îţi mulţumesc, Stăpâne, Doamne, că m-ai învrednicit pe mine, ticălosul, să-mi spăl păcatele cu însuşi sângele meu şi curat a mă face de fărădelegile mele cele multe ce-am săvârşit înaintea Ta, din pricina neputinţei omeneşti!".
Uimit de răbdarea şi de puterea cu care Ioan îndura chinurile, unul dintre torţionari a scos sabia şi i-a tăiat capul. Deşi păgânii n-au permis îngroparea martirului, acest lucru a fost posibil după ce, printr-o minune dumnezeiască, trei îngeri s-au pogorât din cer şi i-au tămâiat trupul. Mai apoi, Ioan i s-a arătat în vis unui preot, care i-a luat moaştele şi le-a aşezat cu evlavie în altarul bisericii în care slujea. Acolo au stat până au fost luate de domnitorul Alexandru cel Bun (1400-1432) şi aduse la Suceava, cetatea de scaun a Moldovei, pe data de 24 iunie 1402. Moaştele Sfântului Ioan cel Nou de la Suceava au fost aşezate în Biserica Mirăuţilor, pe atunci catedrală mitropolitană.
În anul 1950, la propunerea Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, Sfântul Ioan cel Nou de la Suceava a fost aşezat între sfinţii cu moaşte din România al căror cult a fost generalizat în toată Biserica Creştină. Sfântul Ioan cel Nou este cinstit şi ca ocrotitor al negustorilor.
